法務部於 109 年 7 月檢送「羈押法通過之附帶決議編號 1 書面報告」函文給立法院，回覆立法院會於 108 年做出的決議。
該決議內容希望法務部能依照收容人的性別氣質、性別認同、性傾向等因素給予特別保護，矯正署也依照新通過的羈押法訂定收容人多元性別推動之規定，並完善收容人個別處遇機制，預計每兩年對個案進行重新檢視後調整，給予最適切的處遇。也會安排矯正機關人員上性別教育相關課程，提升友善多元性別之意識，促進性別友善跟平等。
行政院 111 年委託世新大學教授陳宜倩做「性別變更要件法制化及立法建議」的研究案，當中提及監獄收容的問題，根據其提出的《性別肯認法草案》第十二條，建議矯正機關以收容人的性別認同安排收容。
雖然法務部並沒有明確表示會將跨性別安排在其認同性別的矯正機構，而是委婉的說會考量個案情況安排，但也不禁讓人擔心若免術換證真的合法化，監所方面是否會遭受更進一步的壓力，迫使他們同意讓男跨女收容人進入女子監所。
2022 年 3 月-行政院「性別變更要件法制化及立法建議」研究案
監所收容：目前採取個案處理
法務部矯正署：「我們現在實務上機關的做法，就是說他如果提出意見，我們就會依照他的需求去調整他的舍房……（若是有）諮商或是需求，那在矯正機構裡面也有專屬的人員，社工師、心理師或者是我們的調查員會提供相關的服務，入監的時候我們也會有一些調查。」
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