當病人的證件或文件不標註生理性別，或是標註錯誤的生理性別時，對醫療的影響有：
1. 需要花更多時間確認患者病狀
- 同樣的症狀男女治療過程大不同
- 同樣的疾病男女症狀大不同
例如男性心肌梗塞的主要症狀為胸痛、左臂轉移痛、上腹痛，而女性心肌梗塞的症狀有喘不過氣、虛弱、不尋常的疲倦、冷汗、暈眩。2
2. 誤診率可能上升
男女不是只有雄性激素、雌性激素或 SRY (Y 染色體性別決定區) 基因的不同，在細胞層面也有不同的表現。很多病的發生率和生理性別有重大關聯，且這點並不限於生殖器官的疾病。
病理、檢驗、放射、放腫、核醫等二線無法當面看到病人的單位，只能仰賴資料正確註記。如果因為性別的錯誤註記發出了錯誤的報告，進而導致診斷錯誤或延誤，可能會造成無法挽回的傷害。
- 解剖病理科在診斷外科手術切下來的、或是其他科做切片檢查下來的人體組織時，判斷病因和腫瘤良性或惡性的第一關是看病理申請單上記載的病人性別年齡，來排定心中各種診斷可能性的先後順序。3
- 腫瘤的切片診斷，例如 CA-125 和 PSA 這兩個癌症腫瘤標記 (Tumor marker)，就和生理性別高度相關。CA-125、CA-153 是檢測女性生殖器癌症，PSA 是男性攝護腺癌。而且不少罕見腫瘤的男女發生率懸殊。
- 與癌症相關的 Line-1 基因的活化與否，與年齡及激素周期 (hormone cycle) 的變化無關，只與生理性別有關。
- 男性和女性的血紅素正常值不同，女性的正常值可能是男性的過低。沒有註記生理性別的情況下，便無法判斷病人是否有貧血。更多檢驗值之男女差異可參考 臺大醫院健康教育資訊網 3。
- 在性聯疾病相關的分子診斷中會跟發病或帶原有關，還有生化有不少項目的參考區間都有男女之分。3
- 捐血中心血漿類產品的製成，都是使用男性血漿，原因是懷孕過 (包含流產) 的女性可能因為懷孕而被誘發出不同的抗體，而這些抗體有可能造成用血人的輸血反應。為了用血人的安全需要知道捐血人的生理性別與懷孕史。4
醫療第一現場，尤其在重大災難發生等緊急的情況下，越清楚的註記越能幫助臨床工作人員快速判斷病人的狀況，進而做出正確的判斷。否則會加重醫護人員的判斷負擔，也可能會延誤就醫，導致提高醫療糾紛之風險。
- 急診或門診如果要作放射檢查，萬一讓孕婦曝露到 X 光，就有致畸胎風險。2
- 八仙塵爆發生時，大量傷患湧入，傷者個個都燒傷非常嚴重。當時所有醫療及工作人員以保住病人生命為優先，除了經由紙本或證件的姓名及性別確認傷者身分外，已經没有更多精力由健保卡讀取資料。若再有如 921 大地震發生，造成許多地方停電，健保卡更將無法讀取。1
3. 用藥疑慮
現今許多藥物仍有生理差異之區別，如藥品種類、使用劑量等，某些藥物可能會因不同生理性別而有不同影響。在不清楚生理性別的狀況下可能會造成錯誤用藥。
4. 浪費醫療資源
- 放射師遇到男跨女來照乳房攝影時，是否可以生理性別不符為由拒絕？若讓其照乳房攝影，品管檢查到這類有問題的影像時，放射師該如何證明不是自己拍攝技術的問題？
- 通常醫生在女性病人需要照 X 光時候會加開 β-HCG 驗孕試驗項目，男跨女若使用反而是增加額外的醫療成本 (包括時間、金錢、試劑與人力)。
5. 對不同性別病患的分工與管理
導尿管置放和照護的作業，職務分配上有些醫院規定女性由護理師負責，男性則由專科護理師或醫師負責，因男性的尿道長且中年男性及較年長的容易有 BPH (攝護腺肥大症) 的問題，會增加插尿管的困難性5。或是為避免醫療糾紛由同性別負責6。
另外，單一性別的病房若實質上變為男女混住，可能更容易出現糾紛。
6. 影響醫療資料庫統計
以健康議題收集個資時，生理性別為其中重要依據，若健保庫內資料與實際不同，將可能無法區別罹病率、死亡率差異，必須清楚區分才能更有效判斷。
7. 影響醫療研究
若受試者依性別認同報名，可能會不符合標準，此時可能需要花費更多成本 (如經費、時間、儀器排檔等) 另外尋找自願人士。且若以生理性別不符婉拒，是否會因歧視疑慮而被迫納案？
8. 影響健檢通知發送
若資料庫中登記的性別與實際不符，政府如何發送健康檢查通知 (如子宮抹片、乳癌檢查等) 給正確的人？
9. 醫療排擠
生理性別不明顯註記、甚至錯誤註記而造成的以上影響，皆會增加醫護人員的工作量，繼而排擠到其他人的醫療資源。
